Фамилия Карабнер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с военным делом. В основе лежит слово «карабинер» — так в европейских армиях XVIII–XIX веков называли солдат, вооружённых карабином (укороченным ружьём). В России карабинеры существовали как особый род лёгкой пехоты или конных егерей, а само слово пришло через французский carabinier. Фамилия образована по продуктивной модели: основа «карабин(ер)» плюс суффикс -ер, который в русском языке часто передаёт профессию или занятие (ср. «сапёр», «гренадёр»). Окончание нулевое — типично для фамилий, заимствованных или сложившихся из прозвищ без добавления русских патронимических суффиксов.

Интересно, что Карабнер — не самая распространённая фамилия, и её носители могли появиться в России двумя путями. Первый: прозвище «Карабнер» давали солдату или отставному военному, служившему в карабинерных полках. Такие полки в русской армии существовали с середины XVIII века, особенно при Павле I и Александре I, а в 1833 году их переформировали в егерские. Второй путь — фамилия могла возникнуть у иностранцев, например, у немцев или поляков, которых призывали на русскую службу и чья фамилия звучала как Karabiner или Karabinier. В польской традиции «karabiner» тоже означало стрелка, и фамилия встречается в документах Царства Польского.

Словообразовательно эта фамилия стоит особняком: в русском языке есть фамилии от названий других родов войск (Гусар, Улан, Драгун), но они обычно оформлялись суффиксом -ов (Гусаров, Уланов). Карабнер сохранил форму прозвища без адаптации — это указывает либо на позднее возникновение (в XIX веке, когда фамилии уже фиксировались в документах), либо на нерусское происхождение носителя. В любом случае, предок носителя фамилии Карабнер с высокой вероятностью был военным, причём не простым рекрутом, а солдатом элитного подразделения — карабинеры считались отборными стрелками.

В написании фамилии возможна путаница: в старых документах встречаются варианты «Карабинер» и «Карабиннер» (с двумя «н»), но форма «Карабнер» — более редкая и, скорее всего, результат упрощения в устной речи или при записи. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, а также к бывшим польским губерниям, где стояли карабинерные полки.