Фамилия Карабога звучит так, словно за ней стоит целая история, и это действительно так. Скорее всего, она тюркского происхождения, и её основа — прозвище или имя, состоящее из двух частей: «кара» (чёрный, тёмный, а в переносном смысле — могучий, простой, северный) и «бога» (от тюркского «бог» — бык, или «буга» — самец, производитель). Таким образом, исходное прозвище Карабога могло означать «чёрный бык» — символ силы, упрямства и выносливости. В тюркской ономастике такие составные имена были распространены: они давали характеристику человеку или служили оберегом, подчёркивая мощь.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий. Обычно фамилии на -а оканчиваются, если основа оканчивается на гласную, но Карабога — это застывшая форма прозвища в именительном падеже, без типичного русского суффикса (-ов, -ин). Это указывает на то, что фамилия могла быть усвоена русским языком из тюркской среды в относительно позднее время, возможно, в XVII–XIX веках, когда тюркские народы (татары, башкиры, ногайцы, чуваши) активно контактировали с русским населением. В таких случаях прозвище могло перейти в фамилию без изменений: Карабога, а не Карабогин.

География фамилии сегодня разбросана, но её корни логичнее всего искать в Поволжье, на Урале или в южных степях России — регионах, где веками жили тюркские народы. Встречается она и среди украинских фамилий, что объясняется миграцией казачества и крестьян. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян и казаков до мелких служилых людей. Точных данных о древности фамилии нет, но её редкий, «говорящий» корень указывает на то, что предок носителя, скорее всего, был человеком заметным, сильным или упрямым — именно такие прозвища закреплялись в качестве фамилий.