Фамилия Карабожилов — редкий случай, когда основа сложного слова читается почти буквально, но её значение не имеет ничего общего с «карать Божилов». Разгадка лежит в тюркском компоненте «кара» — «чёрный», «тёмный» или «простой, незнатный», и в русском личном имени (или прозвище) Божил. Так что перед нами классическая двухкорневая модель, где первая часть — определитель, вторая — имя носителя.

Имя Божил — краткая форма от славянских имён вроде Богдан, Божидар или Божеслав. В древнерусской среде такие усечённые имена (Божко, Божил, Божен) были распространены и со временем становились прозвищами. «Кара» в этом контексте могло означать «чёрный Божил» — по цвету волос или кожи, либо «простой Божил», то есть человек незнатного рода, крестьянин. В тюркских языках «кара» часто прилагалось к именам для различия двух тёзок: Кара-Божил — «Божил-смуглый» в противовес Ак-Божилу («белому, светлому»).

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный. Модель проста: прозвище Карабожил → «сын Карабожила» → Карабожилов. Встречается эта фамилия в основном в южнорусских регионах, где исторически был силён тюркский языковой слой — в Поволжье, на Дону, в бывших казачьих областях. Там смешение славянских и тюркских элементов в прозвищах было обычным делом.

Версия, что «кара» здесь — глагол в повелительном наклонении («карай, Божил!»), маловероятна: русские фамилии от глагольных форм (типа Держикрай, Сорвиголова) обычно заканчиваются на -а, а не на -ил. К тому же имя Божил нечасто встречается в таких конструкциях. Гораздо правдоподобнее, что предок носителя фамилии был человеком по имени Божил, которого для отличия от других прозвали Карабожилом — «тёмным» или «чёрным».

Если судить по географии и модели, Карабожиловы — потомки казаков или крестьян южных окраин России, где тюркское «кара» вошло в местные говоры и прозвища. Фамилия не стала дворянской или купеческой — она осталась в среде простого люда, что и отражено в её «чёрном», то есть незнатном корне.