Фамилия Карадуганова — редкая, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии и модели образования. Судя по всему, она тюркская по происхождению, причём не просто «калмыцкая» или «татарская», а с очень конкретной внутренней формой. Основа «Карадуган» распадается на две части: «кара» (чёрный, тёмный, а в переносном смысле — большой, сильный, простой) и «дуган». Тут есть развилка.

Самая вероятная версия: «дуган» — это искажённое тюркское «туган» (родственник, брат, единокровный). В таком случае Карадуган — «чёрный родственник» или «тёмный сородич». Но в тюркской антропонимике «кара» часто выступает как усилитель: не столько цвет, сколько «настоящий», «коренной». Получается «коренной родич» — прозвище человека, который держался своего рода, не отходил от клана. Менее вероятно, но тоже возможно: «дуган» как монгольское «дуган» — храм, кумирня. Тогда Карадуган — «чёрный храм» или «тёмная кумирня», и прозвище могли дать по месту жительства у такого строения или по внешнему сходству с ним (например, сгорбленный человек, напоминающий очертаниями строение).

Фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ов (в женском роде -ова), что типично для фамилий, которые фиксировали в документах в XIX веке у крещёных тюркских народов — у казанских татар, башкир, ногайцев. Окончание -а в основе (Карадуган-а) указывает на то, что исходное прозвище было мужского рода на -а, что встречается в тюркских языках как форма обращения или ласкательное.

Социальный контекст: носительницы фамилии Карадуганова, скорее всего, происходят из среды государственных крестьян или казаков Поволжья и Приуралья. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простонародная, «полевая». Если искать однокоренные параллели, то в той же модели образования стоят фамилии Каратуганов, Каратулов, Карадунов — все они указывают на тюркскую основу с «кара» и разными вторыми корнями. Фамилия Карадуганова — не про цвет, а про родовую связь, про «своего» среди «чужих», что было важно в кочевой или полуоседлой среде.