Фамилия Караханова, как и большинство фамилий восточного происхождения, имеет сложную структуру и состоит из двух частей: «кара» и «хан». Первая часть фамилии - кара - переводится на русский язык как «черный», «темный», «вороной». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Вероятнее всего, основатель рода Карахановых был человеком добрым, честным, пользовался авторитетом и уважением в обществе. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Карахановых можно лишь на основании генеалогических исследований.