Фамилия Каракушикова — редкий пример того, как тюркское по происхождению прозвище перешло в русскую фамилию, сохранив исходную основу почти без изменений. В её основе лежит личное именование Каракушик, которое, скорее всего, состоит из двух древнетюркских слов: «кара» («чёрный») и «кушик» («щенок»). Получается буквально «чёрный щенок». В тюркской традиции такие «собачьи» имена (Кушик, Кучук) давали детям как оберег: считалось, что имя, означающее нечто простое и живучее, отведёт от ребёнка злых духов и болезни. Так что за этим прозвищем не стоит ничего обидного — наоборот, это было пожелание здоровья и выносливости.

Есть и вторая версия: имя Каракушик могло быть фонетическим вариантом имени Каракучук, которое переводится как «крепкий щенок». Третья гипотеза связывает основу с тюркским словом «каракуш» — коршун или беркут. В этом случае суффикс -ик мог уменьшительно-ласкательно оформить имя, а смысл меняется на пожелание мальчику силы и зоркости хищной птицы. Из этих трёх версий «щенок» выглядит правдоподобнее: суффикс -ик в тюркских именах чаще встречается именно с бытовыми, «домашними» основами, а не с названиями крупных хищников.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского Севера и Поволжья: к основе Каракушик добавили суффикс -ов, а затем фамилию «оженствили» окончанием -а, чтобы передать по женской линии. То есть фамилия Каракушикова — это «жена или дочь Каракушикова», а изначально мужской вариант — Каракушиков. В документах и переписях фамилия могла колебаться между этими двумя формами, но закрепилась именно в женском окончании, что бывает нечасто и говорит о том, что родовая память могла идти от женщины-основательницы или что фамилию фиксировали со слов вдовы.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где плотно соприкасались русские и тюркские народы: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, отчасти Сибирь. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крещёных татар, башкир или представителей других тюркских групп, которые в XVI–XIX веках принимали православие и вместе с новой верой получали русскую фамилию, образованную от старого родового прозвища.

Важный нюанс: фамилия Каракушикова — памятник не столько восточной культуры в целом, сколько конкретного пограничья, где веками шёл культурный обмен. В отличие от многих фамилий, которые «обрусели» до неузнаваемости, эта сохранила тюркское ядро почти нетронутым: ни один из возможных корней не был переосмыслен по-русски (как, например, Карасёв от тюркского «карась»). Поэтому для этимолога эта фамилия — ценный пример прямого заимствования прозвища без перевода.