Фамилия Карамаканов — редкий случай, когда на стыке тюркского корня и русского суффикса возникает двойная смысловая нагрузка. Если смотреть на окончание -ов, то перед нами типичная русская патронимическая модель, но основа здесь не славянская, а тюркская.

Разбираем слово по частям. Основа «Карамакан» состоит из двух компонентов: «кара» (чёрный, тёмный, а в переносном смысле — сильный, простой, народный) и «макан» (место, жильё, стойбище, иногда — название рода). В тюркских языках «карамакан» могло означать «чёрное место», «тёмное стойбище» или «зимовье». Однако есть и другая, более вероятная версия: перед нами сложное личное имя или прозвище, где «Кара» — усилительная приставка, а «Макан» — имя собственное. В казахском, киргизском, башкирском ономастиконе встречаются имена Караман, Макан, и их слияние в Карамакан давало значение «настоящий, крепкий Макан» или «почерневший (от загара, труда) Макан».

Суффикс -ов добавляет русскую патронимическую окраску: Карамаканов — «сын Карамакана». Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар, башкир или казахов, перешедших в русское подданство, когда требовалось зафиксировать родовое имя по отцу в официальных документах. Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и северному Казахстану — регионам, где веками шло смешение тюркских и славянских антропонимических традиций.

Интересно, что в XIX веке подобные фамилии нередко фиксировались с двойным написанием: Карамаканов и Коромоканов (через «о» под влиянием акающих говоров). Встречается и вариант Карамакановых как указание на принадлежность к целому роду. Версия о происхождении от названия растения или животного маловероятна: в тюркских языках «макан» не имеет такого значения, а попытки связать фамилию с «карама» (вид рыбы) разбиваются о типичную для региона модель образования личных имён.