Фамилия Карапнова — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее лингвистического разбора. Её основа, «карап» или «карапа», не встречается в списках древнерусских мирских имён и прозвищ, зато плотно привязана к южнорусским говорам. В курских, воронежских и донских диалектах «карап» — это вариант слова «корапь», то есть корабль. В некоторых местностях так называли большую лодку-долблёнку, а в переносном смысле — грузного, неповоротливого человека. Прозвище Карап вполне мог получить либо лодочник, перевозчик, либо просто крупный медлительный мужчина.

Суффикс -ов- в фамилии Карапнова типичен для русской патронимической модели: он указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Карапа». Форма Карапнова, а не Карапов, говорит о том, что перед нами женский вариант фамилии. Если искать мужскую параллель, то в документах XVII–XVIII веков встречаются единичные записи фамилии Карапов (например, в разрядных книгах служилых людей южных застав), что подтверждает реальность прозвищного корня.

Есть и другая, более экзотическая версия: происхождение от тюркского «карап» — «чёрный» или «чернобровый». В пользу этого говорит активное бытование фамилии в Башкортостане и Татарстане, где Карапновы и Карапова встречаются среди татар и башкир. Однако для русского варианта Карапнова диалектная основа «карап-корабль» выглядит убедительнее: она объясняет и форму, и ареал распространения (Курская, Белгородская, Воронежская области), где речные перевозки были обычным делом.

Социальный контекст фамилии типичен для недворянских родов: Карапновы — это, скорее всего, потомки однодворцев или государственных крестьян южных окраин. В ревизских сказках XIX века такие фамилии фиксировались редко, поэтому генеалогический поиск может упереться в середину XVIII века, не глубже.