Фамилия Каргунова — женская форма от Каргунов, а та, в свою очередь, принадлежит к группе русских фамилий, образованных от прозвищ. Основа здесь — «каргун». Слово это не из центральных великорусских говоров, а скорее южнорусское или украинское, где «карга» означает не сварливую старуху (как в литературном языке), а нечто иное: в ряде диалектов «карга» — это ворона, а «каргун» — либо уменьшительное от неё, либо человек, похожий на ворону — сутулый, чернявый, или же тот, кто каркает, то есть говорит неприятным, скрипучим голосом.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В языках тюркской группы есть слово «карга» — ворона, и «каргун» могло быть прозвищем, данным в степи или на пограничье. Однако русская модель образования с суффиксом -ов (-ова) указывает, что носитель фамилии был русским или обрусевшим человеком, а само прозвище могло прийти в речь из контактов с тюркоязычными соседями.

Географически фамилия Каргуновы встречается не повсеместно. Основные очаги — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также Украина. В центральных и северных областях она редка, что подтверждает её диалектное происхождение. В дореволюционных переписях Каргуновы чаще всего записаны как крестьяне или мещане, никакого дворянского или купеческого следа эта фамилия не оставила.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для русского языка суффикс -ун. В отличие от массовых -ов и -ин, -ун в прозвищах указывает на деятеля: говорун, драчун, бегун. Каргун — тот, кто «каргает» (каркает). То есть прозвище было дано человеку с заметной речевой особенностью, а не просто по сходству с птицей. Так что предок нынешних Каргуновых, скорее всего, был говорлив, обладал хриплым или неприятным голосом — и это закрепилось за родом на века.