Фамилия Кархоткин — довольно редкая и по-своему выразительная. Её основа — прозвище Кархотка, которое напрямую связано с глаголом «кархать». В тверских и псковских говорах это слово имело сразу несколько значений: «харкать», «крякать», «каркать». В переносном смысле «кархать» означало «жить покашливая, кое-как» — то есть едва сводить концы с концами, бедствовать.

Прозвище Кархотка могли дать человеку по двум разным причинам. Первая — чисто внешняя, звуковая: обладатель хриплого, сиплого или каркающего голоса. Вторая — социальная или бытовая: так могли назвать больного, слабого человека, который «жил покашливая», или просто бедняка, чья жизнь тянулась «кое-как». В любом случае прозвище было нелестным, но цепким — и закрепилось за родом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на стандартную модель образования: «чей?» — Кархоткин, то есть сын или потомок Кархотки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а, -я.

Известен один документальный след: в Книге памяти Красноярского края значится Кархоткин Пётр Алексеевич, родившийся в 1898 году в селе Мариинск Томской губернии. Это подтверждает, что фамилия бытовала в Сибири, куда её могли занести переселенцы из северо-западных областей России — как раз из тех мест, где глагол «кархать» был в ходу.

С точки зрения словообразования, фамилия Кархоткин стоит в одном ряду с такими же «звукоподражательными» фамилиями, как Каркавин, Хрипунов, Сипягин. Но её отличие — в двойной семантике: она одновременно может указывать и на манеру говорить, и на скудное, болезненное существование предка.