Фамилия Кархоткин образована от прозвища Кархотка, которое восходит к глаголу «кархать». Он употреблялся в тверских и псковских говорах и означал «харкать, крякать, каркать», а в переносном смысле – «жить покашливая, кое-как». Таким образом, прозвище Кархотка мог получить либо человек с хриплым голосом, либо бедный или больной. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кархотка, со временем получил фамилию Кархоткин. Так, в Книге памяти Красноярского края упоминается Кархоткин Петр Алексеевич, который родился в 1898 году в селе Мариинск Томской губернии.