Фамилия Карконикова — женская форма фамилии Каркоников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Карконик. Основа здесь — «карк-», и это почти наверняка звукоподражательное корневое гнездо, связанное с карканьем вороны. В русских говорах «каркать» — не только издавать звук, но и, в переносном смысле, «предвещать беду», «ворчать», «браниться». Человек, получивший прозвище Карконик, мог быть обладателем хриплого, резкого голоса либо иметь сварливый, недовольный нрав.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «каркон» или «каркун». В некоторых областях так называли не только ворону, но и задиристого, крикливого человека. Суффикс «-ик» в основе (Каркон-ик) указывает на лицо по характерному признаку: как говорун, крикун или ворчун.

Сама модель фамилии — на «-ов» — типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или неканонических имён. Она указывает на принадлежность: «чей?» — Каркоников, то есть сын или потомок Карконика. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями в большинстве своём были крестьяне или посадские люди. Географически она может тяготеть к северным и центральным губерниям России, где звукоподражательные прозвища были особенно живучи в обиходе.

В написании «Карконикова» ударение, скорее всего, падает на второй слог — КаркОникова, хотя в разговорной речи встречается и вариант с ударением на последний слог. Фамилия редкая: она не фиксируется в массовых списках распространённых русских фамилий, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или волости.