Фамилия Карпутченкова — редкий образец русского женского образования, в основе которого лежит прозвище или имя, а не отчество. Мужской вариант — Карпутченков. Сразу бросается в глаза суффикс -енков: это типичная «восточноукраинская» или южнорусская модель, указывающая на происхождение из регионов, где фамилии на -енко (сын такого-то) переделывали в -енков при русификации. То есть исходная фамилия предка звучала как Карпутченко.

Корень — Карпутка. Это уменьшительная форма от имени Карп. Имя Карп в святцах греческое (от слова «плод»), но в народной среде оно было распространено, и от него образовывали множество производных. Суффикс -ут(а) в имени Карпута или Карпутка указывает на ласкательное или бытовое прозвище: так могли звать невысокого, коренастого мужчину либо просто домашнее имя в семье. Сравните: Ванюта, Петрута, Мишута.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии — крестьянин или мещанин, которого в документах записали по отцу: «Карпутченко» — сын Карпутки. Позже, когда фамилия попала в великорусскую среду, окончание -ко заменили на -ков по аналогии с русскими фамилиями (как Бондаренко → Бондаренков). Женская форма Карпутченкова закрепилась за дочерью или женой уже русифицированного носителя.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины (Белгородская, Воронежская, Ростовская области, а также бывшая Слобожанщина). Встречается она нечасто: по открытым данным, в России насчитывается не более нескольких десятков носителей. Это не фамилия дворянского рода — её носители почти наверняка были крестьянами, однодворцами или казаками. Ударение, судя по структуре, падает на второй слог: Карпу́тченкова.