Фамилия Карпутушкина звучит скорее как ласковое прозвище, чем как строгое родовое имя. Её основа — не имя, а уменьшительно-ласкательная форма от прозвища или имени Карп. В русской ономастике суффикс -ушк- (Карп → Карпушка → Карпутушка) образует не просто уменьшительную, а именно ласкательную форму, причём с дополнительным элементом -ут-. Такая двойная «ласка» встречается нечасто: обычно мы видим Карпов, Карпухиных или Карпушиных. Форма Карпутушка — редкая, почти диалектная, она могла возникнуть в северных или вятских говорах, где любили «растягивать» имена с помощью добавочных суффиксов.

Вероятнее всего, Карпутушкой в быту называли человека по имени Карп (каноническое церковное имя, от греч. karpos — «плод»). Но не исключён и вариант прозвища: в некоторых говорах «карпутушкой» могли иронично называть медлительного, неповоротливого человека или, наоборот, того, кто постоянно что-то «карпует» — то есть копается, возится. Вторая версия менее правдоподобна, так как для прозвищ обычно брали более грубые суффиксы (-ух, -яг), а не ласкательные.

Фамилия образована по стандартной русской модели: притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?». Карпутушкина — значит «дочь (или жена) Карпутушки». Первоначально это было отчество или прозвище женщины, но со временем закрепилось как фамилия, передаваемая по наследству. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, но массового распространения не получила — это редкая, «камерная» фамилия, которая сохранилась, скорее всего, в одной или нескольких ветвях рода.