Фамилия Каруфина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в официальном обиходе, а мужской вариант (Каруфин) почти не встречается. Это наводит на мысль, что фамилия могла быть образована от женского прозвища или имени, либо же её носительницей была женщина, за которой закрепилось такое семейное прозвание. С точки зрения словообразования, суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Каруфин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Каруфа.

Корень «каруф-» явно не славянский и не тюркский, что сразу сужает круг поисков. Скорее всего, он восходит к итальянскому или греческому слову. В итальянском есть caruffa — «ссора, перебранка», а также caruffo — «взъерошенный, растрёпанный». В южноитальянских диалектах carufa могло означать «козявка» или «непоседа». Так что прозвище Каруфа могли дать человеку с буйным нравом, взлохмаченными волосами или, напротив, слишком суетливому.

Другая версия — греческие корни. В новогреческом καρούφα (karúfa) — «орех» или «шишка», иногда в переносном смысле — «голова». Прозвище Каруфа могло означать «крепкоголовый», «упрямый» или просто «головастый». Учитывая, что греческие фамилии на -ина (из греческого -ίνα) встречаются у понтийских греков и греков Приазовья, эта версия не менее правдоподобна.

Географически фамилия Каруфина тяготеет к югу России — Краснодарскому краю, Ростовской области, а также к Крыму. Это совпадает с зонами расселения греков и итальянцев (в частности, генуэзцев, оставивших след в Крыму). Встречается она и в Запорожье — возможно, это потомки греческих переселенцев времён Екатерины II.

Сословной принадлежности у фамилии нет: она могла возникнуть и у крестьян, и у мещан. В документах XVIII–XIX веков Каруфины не фигурируют как дворяне или купцы — это фамилия простых людей, получивших прозвище по внешности или характеру.