Фамилия Касаикина — женская форма фамилии Касаикин, и её происхождение связано с прозвищем или мирским именем Касаика. В основе лежит диалектное слово «касайка» или «косайка», которое в разных русских говорах имело несколько значений, и здесь мы сталкиваемся с редким случаем, когда корень фамилии уходит в региональную лексику, а не в церковное имя или ремесло.

Самая вероятная версия — связь с глаголом «касаться» или прилагательным «касатый» (от «косой»). В северных и сибирских говорах «касайкой» могли называть кривобокого человека или того, кто косит на один глаз. В этом случае прозвище Касаика давали по внешнему признаку, что типично для русских фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Касаикин, то есть сын или потомок Касаики. Такая модель (основа на -а + суффикс -ин) характерна для прозвищ и уменьшительных имён: Касаика → Касаикин.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркским словом «касай» (казий, судья) или с названием реки Касайка (есть гидроним в Татарстане). Однако фонетика фамилии — с ударением на втором слоге (Каса́икина) и характерным русским окончанием -ин — говорит в пользу именно славянского происхождения от прозвища. В пользу этого же и то, что фамилия Касаикин встречается почти исключительно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Кировской областях, где «касайка» как диалектное слово фиксируется в словарях.

В написании фамилии важно не путать её с более частотной Касаткина (от «касатка» — ласточка или кит). Касаикина — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из старых крестьянских родов Русского Севера, где прозвища по внешности давали особенно часто. Если искать однокоренные фамилии по той же словообразовательной модели, то это Касаев (от Касай), но там другой суффикс, а близкий аналог — фамилия Косариков (от косарь), но здесь корень другой. Касаикина стоит особняком: её основа — не профессия и не имя, а меткое бытовое прозвище, которое закрепилось за родом.