Фамилия Кайбалдиев — редкий пример, где в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское составное слово. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать имя «Кайбалды» (или «Кайбалда»), от которого образована фамилия с помощью русского патронимического суффикса -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Кайбалды».

Первая часть имени — «кай» — в тюркских языках может означать «скала», «утес» или выступать как глагольный элемент со значением «сгибать», «наклонять». Вторая часть — «балды» — восходит к тюркскому «балта» (топор) или к глаголу «балды» (стал, сделался). Таким образом, имя Кайбалды могло значить «согнувший топор» или «ставший скалой» — прозвище, данное человеку с несгибаемым характером или, возможно, кузнецу, который ломал инструменты.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к кумыкской и ногайской среде, где распространены фамилии на -ев с тюркскими основами. Встречается она также у балкарцев и карачаевцев. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда горцам присваивали фамилии по отцу с добавлением русского окончания. Интересно, что в некоторых записях встречается вариант «Кайбалдинов» — с двойным суффиксом, что говорит о поздней русификации.

С точки зрения словообразования, фамилия Кайбалдиев стоит в ряду таких же двусоставных тюркских фамилий, как Карабалаев, Темирбулатов или Айбалаев. Её редкость объясняется тем, что имя Кайбалды не было широко распространено даже в тюркской среде — скорее всего, это индивидуальное прозвище, а не каноническое имя. Поэтому носителей фамилии немного, и они в основном сосредоточены в Дагестане и Ставропольском крае.