Фамилия Кайкужинова — редкий пример, в котором почти каждый элемент несет определённый смысл, и разобрать её стоит именно с конца, с суффикса. Окончание -а указывает на принадлежность женщине: это женская форма фамилии. Мужской вариант — Кайкужинов. Сама же основа образована по продуктивной модели фамилий народов Северного Кавказа и тюркского мира: к тюркскому имени или прозвищу добавляется русский суффикс -ов/-ев, что было типично для фиксации фамилий в документах Российской империи.

Корень фамилии — составное тюркское имя Кайкужа. Первая часть «Кай» восходит к древнетюркскому слову со значениями «скала», «утёс» или «твёрдый, крепкий». В именах этот корень часто символизировал несокрушимость, прочность характера. Вторая часть — «кужа» — более сложна. Скорее всего, это фонетический вариант имени Ходжа (от персидского «хваджа» — господин, хозяин, наставник). В тюркской среде Ходжа стало обозначать не только имя, но и принадлежность к потомкам пророка или к духовному сословию. Таким образом, имя Кайкужа можно перевести как «твердый, как скала, господин» или «непоколебимый наставник».

По географической привязке фамилия Кайкужинова наиболее характерна для казахов. В Казахстане имя Кайкужа встречается как личное, а фамилии на -ов от него — в южных и западных регионах. Встречается она и у башкир, но значительно реже. В русской среде эта фамилия практически не бытует, что говорит о её чёткой этнической маркировке. Предки носителя фамилии, скорее всего, были либо из среды степной аристократии (если опираться на значение «господин»), либо из числа уважаемых религиозных авторитетов, так как имя Ходжа часто давали в семьях, связанных с исламским образованием.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В казахской среде его чаще ставят на второй слог (КайкУжинова), что ближе к звучанию исходного имени. В русскоязычных документах, особенно при паспортной записи, ударение нередко смещается на предпоследний слог (КайкужИнОва) по аналогии с массой русских фамилий. Эта разница — лишнее подтверждение того, что фамилия прошла стадию адаптации в русской бюрократической системе.