Фамилия Кайпалиев образована от имени Кайпалы, которое в тюркской антропонимии, скорее всего, составное. Первая часть, «кай», в древнетюркском и казахском языках может означать «крутой, обрывистый» или же «забота, беспокойство». Вторая часть — «палы» — восходит к арабскому «бали» (беда, несчастье) или же к тюркскому «балы» (мед, сладкий). Таким образом, имя Кайпалы могло нести охранительный смысл: родители давали его ребенку, чтобы «отвести беду» или, напротив, желали ему «сладкой жизни», но с оттенком осторожности. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий: «Кайпалиев» буквально значит «сын Кайпалы».

Фамилия типична для северокавказского региона, особенно распространена среди кумыков и ногайцев, где встречается и в форме Кайпалаев. В кумыкском языке имя Кайпалы фиксируется в исторических документах XVIII—XIX веков. Учитывая ареал, предки носителя фамилии, вероятно, были из тюркоязычных народов Дагестана или Ставрополья, возможно, принадлежали к узденям (свободным крестьянам) или служилым людям.

Интересная особенность — фамилия сохранила архаичную огласовку. В современных тюркских языках компонент «палы» часто вытесняется более понятными «балы» или «бала» (дитя). Форма «Кайпалиев» — более старый, «законсервированный» вариант, который не поддался позднейшей языковой унификации. Это делает фамилию ценной для ономастов: она как бы фиксирует переходный этап в развитии тюркских личных имен.

Встречается написание с одной «л» — Кайпаиев, но это, скорее, ошибка паспортиста. Основная масса носителей сосредоточена в Хасавюртовском районе Дагестана и в соседней Чечне. Фамилия недворянская, но и не крестьянская в привычном русском понимании: в среде кумыков и ногайцев она указывает на принадлежность к роду, чей основатель носил личное имя с явным смысловым подтекстом.