Фамилия Кайшыбеков — редкий случай, когда тюркское имя-прозвище соединилось с русским патронимическим суффиксом, но при этом сохранило почти полную прозрачность внутренней формы. Разберём её на части: основа «Кайшыбек» состоит из двух тюркских корней. Первый — «кайшы» (в разных диалектах — «кайчи», «кайчы»), что означает «ножницы» или, шире, «закройщик», «портной». Второй — «бек» (бей, бий), титул, обозначающий господина, князя, предводителя. Соединение даёт значение «господин-портной» или «князь-закройщик». Но здесь важно не обмануться буквальностью: в тюркской ономастике такие составные имена часто носили не социальный, а пожелательный или охранительный характер. «Кайшыбек» могло быть именем, данным мальчику, чтобы он вырос умелым, как хороший мастер, или же прозвищем человека, который действительно шил одежду, но с ироничным добавлением «бек» — вроде «наш портной-князь».

Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде: «Кайшыбеков» буквально означает «сын Кайшыбека» или «из рода Кайшыбека». Такая модель типична для фамилий, которые возникли у казахов, киргизов, татар и других тюркских народов, попавших в сферу русского делопроизводства в XIX — начале XX века. Чаще всего фамилию давали по имени отца, и она закреплялась за потомками. Географически фамилия Кайшыбеков наиболее вероятна для юга Казахстана или Киргизии — регионов, где имя «Кайшыбек» встречается как личное и сейчас, хотя и не часто.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что основа не усекается и не русифицируется: полное имя «Кайшыбек» целиком принимает русский суффикс. Это отличает фамилию от, скажем, «Кайшибаевых», где второй корень мог быть заменён на «бай». В случае с «Кайшыбековым» мы видим более архаичный пласт — сохранение титула «бек» в основе, что в тюркских именах XIX века было признаком либо знатного происхождения, либо, наоборот, простонародной шутки. Сравните с однокоренными фамилиями вроде «Кайшиев» (от «кайшы» без титула) — они проще и распространённее.

Других версий происхождения, по сути, нет: корень «кайшы» в значении «ножницы» устойчив во многих тюркских языках, а «бек» — один из самых частых компонентов. Спор мог бы возникнуть, если бы кто-то пытался связать «кайшы» с арабским «кайс» (мера, судьба) или персидским «кеш» (нрав), но это натяжки: в тюркской антропонимике ремесленные прозвища с титулами — обычное дело. Так что носитель фамилии Кайшыбеков может быть уверен: его предок, скорее всего, был либо портным, либо получил имя, которое желало ему мастерства, а суффикс «-ов» просто закрепил это имя в русской записи. Никакой тайны — только ремесло и титул, слившиеся в одну фамилию.