Фамилия Казиначиков — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а чин или должность. В её центре — слово «казначей». В старину так называли человека, ведавшего казной: деньгами и ценностями в монастыре, княжеском или царском хозяйстве, в войске или городской общине. Должность ответственная и почётная, поэтому прозвище Казначей, а затем и фамилия Казначеев встречаются часто. Но здесь мы видим суффикс «-ик», который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к чему-то или на уменьшительность. Сначала от должности образовалось прозвище Казначик — так могли назвать либо младшего казначея, либо сына казначея, либо человека, который «при казначее» состоял. А уже от него по стандартной модели (чей? — Казначиков) появилась фамилия.

Сложность в написании — через «а» в первом слоге (Казиначиков, а не Казначиков) — скорее всего, результат «акающего» произношения, свойственного южнорусским и среднерусским говорам. В устной речи безударное «о» и «а» звучали одинаково, и при записи фамилии в документах закрепился именно такой вариант. Поэтому география фамилии, вероятно, связана с регионами, где аканье было нормой: Рязанская, Тамбовская, Воронежская, Тульская губернии.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает версию. Казначеев — самая распространённая форма, она прямая: «чей? — казначеев». Казначейский — более редкая, указывает на происхождение из семьи служащих казны. А Казиначиков стоит особняком: суффикс «-ик» в основе встречается нечасто и говорит о том, что прозвище дали не самому казначею, а его подручному или младшему родственнику. Носитель такой фамилии мог происходить из семьи мелких служащих при казённых учреждениях или приказных изб, где иерархия была строгой.

Иных версий, кроме как от «казначей», для этой фамилии нет. Связь с тюркскими или иными корнями маловероятна: слово «казна» давно и прочно вошло в русский язык, а суффиксальная модель — чисто славянская. Фамилия недвусмысленно указывает на занятие предка, пусть и не самого главного в своём деле.