Фамилия Казрагене — редкий случай, когда перед нами не исконно русская, а литовская фамилия, адаптированная в русском языке. Её выдают суффиксы: в литовском языке женские фамилии оканчиваются на -ене, -уте, -айте и т.д. Казрагене — это форма замужней женщины, образованная от мужской фамилии Казрагас или Казрага. Дословно: «жена Казрагаса» или «из рода Казрагасов».

Основа Казраг- разбирается на две части: «каз-» и «раг-». Первая часть, скорее всего, восходит к литовскому слову «kazys» — уменьшительной форме имени Казимир (в литовском варианте — Kazimieras). Вторая часть, «раг-», может означать «рог» (лит. ragas) или, в переносном смысле, «упрямство», «крутой нрав». Таким образом, исходное прозвище Казрагас могло означать «Казимиров рог» — то есть упрямый, своенравный человек по имени Казимир. В литовской антропонимике такие составные прозвища, где личное имя соединяется с характеристикой, не редкость.

Если отбросить литовский женский суффикс -ене, то перед нами чисто балтийская модель, не имеющая аналогов в славянских фамилиях. В русском языке фамилия Казрагене закрепилась в неизменном виде, что говорит о позднем (скорее всего, XX век) переходе в русский контекст — например, при переезде носительницы из Литвы в Россию или СССР. Географически фамилия могла бытовать в районах с компактным литовским населением: Калининградская область, запад Беларуси, Латгалия, а также среди литовской диаспоры.

Интересно, что фамилия не подверглась русификации — её не переделали в Казрагин или Казрагов. Это указывает на то, что носительницы осознанно сохраняли национальную форму. Встречается она крайне редко: в открытых базах данных (например, по России или Беларуси) зафиксированы единичные случаи, в основном у женщин. Мужская форма, Казрагас, ещё более редка.

Версия о том, что фамилия может быть образована от тюркского «казрак» (сухой, жёсткий) или от греческого корня, не выдерживает критики: суффикс -ене однозначно указывает на литовскую систему фамилий. Так что предки носительницы Казрагене — литовцы, жившие, вероятно, в Жемайтии или Аукштайтии, и родоначальник мужской линии носил прозвище Казрагас, то есть «Казимир-рог».