Фамилия Казунеткина — редкая и непривычная для русского уха, хотя образована по абсолютно стандартной модели. В её основе лежит мужская фамилия Казунеткин, к которой добавили типичный женский суффикс -а. Сама же мужская форма возникла от прозвища или мирского имени Казунетка с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «сын Казунетки».

Главная загадка — корень «казунет». В русских говорах и в документах XVI–XVII веков такого слова не зафиксировано. Скорее всего, это искажённое заимствование. Самая правдоподобная версия ведёт к слову «казинет» — так в XIX веке называли плотную полушерстяную ткань, распространённую в крестьянском и мещанском быту. Казинетовыми были сюртуки, армяки, поддёвки. Прозвище Казинет могли дать портному, работавшему с этой материей, торговцу мануфактурой или человеку, который постоянно носил одежду из казине́та. С течением времени «казинет» в просторечии могло перейти в «казунет» — под влиянием южнорусского аканья или просто из-за небрежности произношения.

Менее вероятна связь с польским или белорусским «казун» (козёл) или с диалектным глаголом «казунить» (дразнить, изводить), но эти версии слабее, так как не объясняют суффикс -ет-. В любом случае, фамилия Казунеткина — недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и её носительниц было немного. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, где ткачество и портняжный промысел были особенно развиты.