Фамилия Кефалиди — один из ярких примеров греческого влияния на русский фамильный фонд, особенно заметного в южных регионах бывшей Российской империи. Её основа — греческое слово «κεφάλι» (кефали), что означает «голова». В греческом языке это слово многозначно: оно может обозначать не только часть тела, но и главу, руководителя, старшего. Соответственно, прозвище Кефал (или Кефалис) могли дать человеку с крупной головой, либо, что вероятнее, тому, кто занимал руководящую должность — старосте, старшине, главе общины.

Суффикс -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) — типичный греческий патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду. Дословно Кефалиди означает «сын Кефала» или «из рода Кефала». Такая модель образования фамилий характерна для понтийских греков, которые массово переселялись в Российскую империю в XVIII–XIX веках, спасаясь от турецкого гнёта. Основные места их расселения — Крым, Приазовье, побережье Чёрного моря, а также города вроде Мариуполя и Таганрога. Поэтому фамилия Кефалиди чаще всего встречается именно в этих регионах, а также в Краснодарском крае.

В русском языке фамилия сохранила греческое окончание без изменений, что делает её несклоняемой по падежам (в отличие от русифицированных вариантов вроде Кефалов). Интересно, что в греческой среде существовали и другие фамилии от того же корня — Кефалопулос, Кефалис, — но именно форма с суффиксом -иди закрепилась у понтийских греков как самая распространённая. Поскольку фамилия не славянская, она не указывает на сословную принадлежность предков: носителями могли быть и крестьяне, и купцы, и священники. Единственное, что объединяет всех Кефалиди, — греческое происхождение и, скорее всего, история переселения, связанная с Причерноморьем.