Фамилия Кекля — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме, характерной для украинских, белорусских и южнорусских прозвищных фамилий (ср. Шумейко, Непийвода, Трегуб). Сама основа «кекля» в славянских говорах имеет несколько значений, и все они указывают на внешность или манеру поведения предка.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «кекля» — так в некоторых русских говорах (особенно псковских и тверских) называли неуклюжего, неловкого или кривобокого человека. Слово образовано от глагола «кеклить» — ковылять, идти вперевалку. Прозвище могли дать человеку с хромотой или просто с тяжелой походкой. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «кекля» как заскорузлый, грязный комок или сосулька на бороде, что опять же отсылает к неопрятному внешнему виду.

Вторая гипотеза, менее правдоподобная, выводит фамилию из тюркских языков, где «кек» (или «кёк») означает «корень» или «голубой». Однако суффикс -ля нехарактерен для тюркских фамилий в русской среде, и такое объяснение выглядит натяжкой. Скорее всего, перед нами чисто восточнославянское прозвище, которое закрепилось за родом в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали уличные клички по характерным чертам.

Фамилия почти не встречается в дворянских родословных и не имеет географической привязки к какому-то одному региону: отдельные носители фиксируются в Смоленской, Брянской областях и на Украине. Это типичная фамилия-прозвище, которая сохранилась в малочисленных родах, не растворившись в более частотных фамильных моделях. Её ценность для историка именно в том, что она донесла до нас живое диалектное слово, почти исчезнувшее из современного языка.