Фамилия Кекукпера — редкий случай, когда происхождение лежит на поверхности, но требует лингвистического переключения. Если произнести её вслух, слышен не русский, а финно-угорский строй. Перед нами не прозвище и не переделанное имя, а топонимическая фамилия, образованная от названия места — скорее всего, от карельского или финского топонима. В основе лежит слово «keku» или «kekäle» (головня, тлеющая головешка) и «perä» — задняя часть, дальний конец, залив, а также «земля», «участок». В сумме «Кекукпера» могло означать «дальний конец у головешки» (например, мыс у гари) или «участок на выжженной земле» — типичный для подсечного земледелия ориентир.

Фамилия застыла в форме родительного падежа с окончанием -а, что характерно для финно-угорского субстрата на Русском Севере: так записывали дворы и хутора по имени владельца или местности. В русских документах такие фамилии могли не склоняться или склоняться по мужскому роду, но исходно «Кекукпера» — это ответ на вопрос «откуда?»: «из Кекукпера» или «с Кекукперы».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Карелии, Вологодчине или Архангельской области — зоне расселения карел и вепсов. В метрических книгах XIX века она могла писаться как «Кекукперов» или «Кекупера», но сохранилась в архаичной форме без русского суффикса -ов/-ев. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян-земледельцев или рыбаков с северо-западных окраин Российской империи, чей род пошёл от одного хутора или деревни, ныне, возможно, исчезнувшей.

Второй, менее вероятный вариант — прозвищная основа от вепсского «kek» (куча, стог) и «pera» (зад, конец), то есть «тот, кто живёт за стогом». Но топонимическая версия убедительнее: такие составные фамилии-ориентиры почти всегда указывают на конкретное место, а не на человека. Фамилия уникальна тем, что не обрусела до неузнаваемости — её финно-угорский корень просвечивает сквозь русскую запись, и это редкость даже для северных фамилий.