Фамилия Кенециус — почти наверняка искусственного, книжного происхождения, и её разбор требует не столько этимологии, сколько знания контекста эпохи. В русской традиции фамилии на -ус (реже -иус) — верный признак латинизированной формы, которую в XVII–XIX веках получали фамилии семинаристов, преподавателей духовных академий и, реже, выходцев из польско-литовских земель. Основа здесь — «Кенец» или «Кенецкий», но прибавка латинского окончания -ius превратила её в фамилию, звучащую как учёный псевдоним.

Самая вероятная версия: Кенециус — латинизация фамилии Кенецкий. В свою очередь, Кенецкий — типичная польская или западнорусская фамилия, образованная от названия населённого пункта вроде Кенцы, Кенец (от польск. kęs — «кусок», «участок земли», либо от древнепольского kieniec — «граница», «межа»). Человек, получивший такую фамилию при поступлении в семинарию, мог быть родом из деревни Кенцы или носить прозвище Кенец. Латинизация на -us делала фамилию благозвучной для церковного обихода: Кенециус звучало как латинское прилагательное или имя.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от немецкого Kennitz или Kemnitz через посредничество польского языка. Немецкие фамилии на -itz при переносе в польскую или русскую среду иногда получали окончание -ius в документах. Однако для этого случая нет убедительных исторических параллелей, и версия с семинарским происхождением выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Кенециус крайне редка. В дореволюционных источниках она встречается в основном в документах духовного ведомства — в списках выпускников Киевской, Московской или Санкт-Петербургской духовных академий, а также в метрических книгах западных губерний (Волынская, Подольская, Гродненская). В советское время носители фамилии могли изменить написание на более привычное Кенецкий или Кенец, но часть сохранила исходную форму.

Социальный портрет предка с фамилией Кенециус — это, скорее всего, священник, дьякон или преподаватель духовного училища, реже — выходец из мелкой шляхты, получивший образование в иезуитской коллегии. Фамилия не крестьянская и не купеческая: её латинский облик выдаёт человека, чья жизнь была связана с книгой и церковью.