Фамилия Кепаапр — редкий случай, когда написание почти полностью состоит из букв, нехарактерных для русской ономастики. В ней нет ни одного суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ев, -ин, -ский), и она не склоняется. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а искусственная или заимствованная фамилия, записанная кириллицей.

Словообразовательный разбор здесь почти невозможен: основа «кепаапр» не разлагается на корень и окончание в рамках русского языка. Первое, что приходит на ум — это аббревиатура. В советское время было принято создавать фамилии из начальных букв или слогов слов. Например, КЕП могло означать «коммунистическая единая партия», «красный электрический путь» или «комитет естественных производительных сил». Второй слог «ААПР» может быть сокращением от «Академия аграрных проблем России» или других организаций. Если это так, то фамилию могли получить в 1920–1930-е годы при смене паспортов или в детдоме.

Вторая версия — иноязычное происхождение. Сочетание «аа» встречается в финно-угорских языках (например, в карельских фамилиях типа Кепаайнен), а также в некоторых африканских. Возможно, исходная фамилия (например, Këpaapri) была записана на слух русским чиновником, который передал долгий гласный двойным «а». Но без конкретной этимологии из языка-источника это лишь догадка.

Третья, самая прозаичная версия — опечатка или искажение при переписи. Фамилии Кепа, Кепанов, Кепаев существуют, и «аапр» могло возникнуть из-за неразборчивого почерка или ошибки паспортистки. В таком случае исходная фамилия могла быть Кепаров или Кепанович, где основа «кеп» восходит к прозвищу Кепа — от диалектного «кепать» (кивать, дремать) или от слова «кепка» (головной убор).

Поскольку фамилия единичная и не встречается в исторических документах, её носителю стоит проверить семейные архивы на предмет альтернативных написаний (Кепапров, Кепааприн) или поискать однофамильцев в базах данных военнослужащих. Самая вероятная рабочая гипотеза — искусственное происхождение в советское время.