Фамилия Кепенис образована от аналогичного прозвища, которое восходит к литовскому слову kepenys. На русский язык это слово переводится как «печенка, печень». Вполне вероятно, что родоначальник Кепенис был любителем блюд с печенью. По другой версии, основой для данного прозвища послужило слово kepene. В переводе с литовского языка это нарицательное означает «печенье, жаркое», «жара». В этом случае возможно, что прозвище Кепенис указывало либо на род деятельности предка (повар, кулинар), либо на особенности его рождения (летом).