Фамилия Кеперакунова — редкая и сложная по составу. Её основа, Кеперакун, выглядит как прозвище, которое образовалось на стыке двух слов. Первая часть, «кепер», с высокой вероятностью восходит к тюркскому «кепек» — «отруби», «мякина», «шелуха». В старых тюркских языках так называли и мелкую, некондиционную крупу, и даже человека маленького роста или худощавого телосложения. Вторая часть, «кун», в тюркских языках может означать «день» или «солнце», но в составе сложных имён и прозвищ чаще выступает как компонент со значением «рабыня» (в женском роде) или «невольник» — ср. казахское «күң». Однако в данном случае логичнее предположить, что «кун» — это усечённое окончание от «кунак» («гость») или «кунан» («трёхлетний жеребёнок»), либо просто усилительная частица.

Наиболее правдоподобная версия: прозвище Кеперакун дали человеку, который занимался переработкой зерна — молол муку, веял, отделял отруби. Такое занятие было обычным для мельников или работников на крупорушках. Суффикс «-ов» указывает на русский способ оформления фамилии по модели принадлежности: «чей?» — Кеперакунов. Окончание «-а» — женский род, то есть перед нами фамилия в форме жены или дочери Кеперакунова. Так могли записать женщину при переписи или в церковной книге, и форма закрепилась.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Поволжью, где сильны тюркские заимствования. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях. Есть вероятность, что изначально фамилия звучала как Кепек-урун-ов, где «урун» — тюркское «ударь», «бей», и тогда прозвище могло означать «тот, кто бьёт отруби» (толчёт, дробит). Но это лишь гипотеза без надёжных источников.

Словообразовательная модель здесь нестандартна: редкий случай, когда тюркское сложное прозвище получило русский суффикс принадлежности, а затем и женское окончание. По сословной принадлежности носители такой фамилии скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, никаких дворянских родов с ней не известно.