Фамилия Кеперша — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно отказаться от поиска типичной русской модели на -ов/-ин и присмотреться к географическому и этническому контексту. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке культур, и её основа — не славянская.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «кепер» или «кёпер» может означать «мост» (ср. турецкое köprü) или, в диалектах, «переправа». Суффикс -ша в тюркских именах и прозвищах часто выполнял уменьшительно-ласкательную или уничижительную функцию (как в русском «Ванька»). Таким образом, «Кеперша» могло быть прозвищем человека, жившего у моста, строившего мосты или перевозившего через реку, — этакого «мостика» или «перевозчика». В русской среде такое прозвище могли дать татарину, башкиру или представителю другого тюркского народа, а затем, при оформлении документации, оно закрепилось как фамилия без дополнительных русских суффиксов.

Вторая, менее вероятная версия, отталкивается от географического названия. В Западной Украине, на границе с Румынией, есть село Кеперша (ныне в Черновицкой области). Фамилия могла произойти от названия этого населённого пункта, указывая на выходца оттуда. Однако такое происхождение обычно даёт фамилии с суффиксами -ский/-цкий, а форма Кеперша без изменений — более характерна для прямого прозвища или имени.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В ней нет привычного для русских фамилий патронимического суффикса («чей сын?»). Это так называемая «неоформленная» фамилия, застывшая в форме прозвища или имени. Такое явление встречается у фамилий, возникших в среде казачества, однодворцев или у народов Поволжья и Приуралья, где русская администрация фиксировала прозвище в исходном виде, не переделывая его на свой лад.

Искать носителей этой фамилии стоит в регионах с сильным тюркским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и на Украине, но там её корни, скорее всего, другие — топонимические. Из-за редкости фамилии Кеперша не попала в классические справочники по русским фамилиям (Унбегаун, Никонов), что ещё раз подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер оформления.