Фамилия Кептине — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В отличие от большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин или -ский, окончание -е выдает нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия, зафиксированная в русской среде в застывшей форме, без адаптации к местной словообразовательной модели. В русском языке фамилии на -е встречаются редко и обычно указывают на иноязычное происхождение — например, из украинского, белорусского, польского или прибалтийских языков.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с румынским или молдавским словом «căpitan» (капитан), которое через диалектные формы могло дать «Кептине». В молдавских и румынских фамилиях часто встречается окончание -е, указывающее на родительный падеж или принадлежность (как, например, в фамилии Кептине — «из рода капитана»). Если это так, то предок носителя фамилии мог быть военным или морским командиром, либо получить прозвище за командирские замашки. В пользу этой гипотезы говорит и географическая привязка: фамилия Кептине встречается в основном в Молдове и на юго-западе Украины, в зоне исторического влияния румынского языка.

Менее распространённая версия — связь с тюркским корнем «кептен» (в значении «покрывало» или «накидка»), что могло стать прозвищем человека, носившего особую одежду или занимавшегося её изготовлением. Однако эта гипотеза слабее, так как тюркские фамилии в русской среде обычно получали суффиксы -ов/-ев, а не сохраняли исходное окончание.

Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из небольшой локальной группы, возможно, переселенцев из Бессарабии. В дореволюционных списках фамилия Кептине не фиксируется в центральных губерниях России, что подтверждает её региональный характер. Сегодня она встречается единично, и её носители чаще всего живут в Молдове, Приднестровье и на юге Одесской области.