Фамилия Керханачиди указывает на греческое происхождение — её принесли в Россию греки, переселившиеся из Крыма. В основе фамилии лежит прозвище родоначальника: Керханачи. А оно, скорее всего, связано с местом или занятием.

Топоним Керхана (встречается также вариант Керхене) — это местечко на окраине крымского Коктебеля. В прошлом Керхана славилась мастерскими, где делали черепицу и глиняную посуду. Само название, вероятно, восходит к искажённому арабскому слову «керхене» — «фабрика, мануфактура». Поэтому прозвище могло означать либо выходца из этого местечка, либо человека, который работал в тамошних гончарных мастерских.

Фамилию образовали по греческой модели — с патронимическим суффиксом -иди (в других вариантах -идис). Он соответствует русскому окончанию «-ов» и означает «сын (потомок) такого-то». То есть Керханачиди — потомок Керханачи.

Эта фамилия — примета крымских греков, и её носители до сих пор встречаются в Краснодарском крае, куда их предков переселили в конце XVIII — XIX веке. В Книге памяти Красноярского края, например, упомянут грек Леонтий Степанович Керханачиди (1924 г. р.), живший в селе Мерчанском Крымского района Краснодарской области. Там же записаны его односельчанки: Мария Степановна (р. 1932), Надежда Степановна (р. 1925) и Пелагея Николаевна Керханачиди.