Фамилия Кешенюк — редкий пример восточнославянской фамилии, образованной не от привычного полного имени, а от прозвища или усечённой формы. Её основа — «Кешен» — сразу привлекает внимание. В русском, украинском и белорусском языках нет общеупотребительного слова с таким корнем. Поэтому наиболее вероятное объяснение лежит в области антропонимики: Кешен — это, скорее всего, вариант имени или прозвища Кеша, которое в свою очередь является краткой формой от Иннокентий (разговорное Кеша, Кешенька). В таком случае Кешенюк — это «сын Кешена», то есть потомок человека, которого в быту звали Кешей.

Суффикс -юк — типичный для западной части украинского и южной части белорусского ареала. Он указывает на «маленького» или «сына» (как -енко на востоке Украины или -ович у белорусов). Географически фамилия Кешенюк с высокой вероятностью закрепилась на Волыни, в Полесье или в приграничных районах современной Беларуси. Там фамилии с -юк особенно распространены, и церковное имя Иннокентий, хоть и не самое частое, встречалось в крестьянской среде.

Есть и вторая, менее очевидная, но любопытная версия. В польском языке есть слово «kieszeń» — карман. Прозвище Кешень мог получить портной, торговец или человек, носивший что-то примечательное в кармане. Однако для украинской фонетики переход польского «sz» в «ш» естественен, но форма «Кешен» вместо «Кешень» заставляет склоняться к первой версии — имени Иннокентий.

Социально фамилия Кешенюк — крестьянская или мещанская, без признаков дворянского происхождения (для шляхты характерны суффиксы -ский/-цкий). В дореволюционных записях её могли записывать по-разному: Кешенюк, Кешенюк, реже Кешенюк. В советское время написание унифицировалось. Сегодня носители фамилии встречаются в основном на западе Украины, в Беларуси и среди потомков эмигрантов в Канаде и Аргентине.