Фамилия Кеыкен — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в тюркской языковой среде. Встречается она крайне редко, и её носители, скорее всего, имеют корни в одном из тюркских народов — казахов, каракалпаков, ногайцев или башкир. Основа фамилии, «Кеыкен», скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу.

Разбор слова показывает, что перед нами не типичная русская модель с суффиксами -ов/-ев или -ин. Фамилия застыла в своей исходной, неадаптированной форме. Это характерно для поздних записей фамилий в XIX — начале XX века, когда представителей нерусских народов записывали в метрические книги или ревизские сказки так, как слышали, без добавления русского патронимического суффикса.

Сама основа «Кеыкен» может быть интерпретирована по-разному. Наиболее вероятная версия — это искажённая запись казахского или каракалпакского имени Койкен или Куйкен. В тюркских языках «кой» (или «куй») означает «баран», «овца». Уменьшительный суффикс -кен превращает слово в ласкательное имя, что-то вроде «Барашек» или «Ягнёночек». Такие имена-пожелания были распространены: называя ребёнка именем домашнего животного, родители желали ему сытой и благополучной жизни, здоровья, как у молодого барашка.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от слова «кек» (месть, злопамятность) с тем же суффиксом -кен. Тогда прозвище Кеыкен могло означать «обидчивый», «мстительный». Однако в ономастике «пастушеские» мотивы встречаются чаще, чем психологические, поэтому первая версия правдоподобнее.

Географически фамилия Кеыкен, скорее всего, имеет корни в Западном Казахстане, в Астраханской области России или в Каракалпакстане (Узбекистан) — регионах, где исторически кочевали тюркские племена и где русские чиновники фиксировали местные имена на слух. Фамилия не получила распространения и осталась очень узколокальной, что делает её ценным маркером происхождения для её носителей.