Фамилия Кезенова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — не древнерусское прозвище и не крестильное имя, а топоним, причём вполне конкретный. Носители фамилии с большой вероятностью происходят из мест, где протекает река Кезен (приток Аргуни в Забайкалье) или из села с похожим названием. В этом случае фамилия образована по типичной модели «от названия места»: человек, живший на Кезене, получал прозвище Кезен, а его потомки — фамилию Кезеновы. Суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Кезена».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским или монгольским словом «кезен» или «кезенек». В тюркских языках «кезен» может означать «отрезок», «кусок» или «часть», а в некоторых диалектах — «козлёнок» или «дикий козёл». Тогда прозвище Кезен мог получить либо человек небольшого роста или с какой-то особенностью телосложения (как «отрезок»), либо тот, кто пас коз или отличался прытью. Однако эта версия слабее топонимической: фамилия Кезенова почти не встречается в регионах, где тюркские языки исторически доминируют, и её ареал явно тяготеет к Забайкалью и Восточной Сибири.

Словообразовательная модель проста: корень «кезен» плюс патронимический суффикс -ов. Фамилия не имеет типичного дворянского или церковного происхождения — она крестьянская или казачья, что подтверждается её привязкой к сибирским и дальневосточным территориям, где в XVII–XIX веках оседали служилые люди, крестьяне-переселенцы и казаки. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывают на выходцев из шляхты или духовенства, Кезенова — «чистая» топонимическая фамилия без сословного оттенка.

В современной России фамилия остаётся редкой и локальной. Если встретите Кезенову за пределами Забайкалья или Бурятии, скорее всего, это потомок переселенцев начала XX века. Споров вокруг происхождения почти нет — топонимическая версия настолько очевидна, что альтернативные гипотезы (например, от греческого «ксенос» — чужой) выглядят натяжкой, ведь фамилия не имеет следов греческого влияния ни в написании, ни в географии.