Фамилия Кежутин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «Кежут» не встречается в современных словарях, поэтому ономасты обычно выводят её из диалектного или профессионального прозвища. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «кежуть» или «кежить» — в северных и сибирских говорах так называли грубую, нескладную работу, а также процесс выдирания, выщипывания чего-либо (например, пакли или шерсти). Прозвище Кежут могли дать человеку, который занимался подобным ремеслом — трепал лён, чесал шерсть или работал с грубым волокном. В пользу этой версии говорит и суффикс -ут-, который в русских прозвищах часто указывает на деятеля по характерному действию (сравните: тяпут, колут, дергут).

Менее распространённая, но тоже допустимая гипотеза — связь с тюркским корнем «кеж» или «кеш», означающим «поздний», «запоздалый». В таком случае прозвище Кежут могло закрепиться за человеком, родившимся поздно вечером или в конце сезона. Однако эта версия слабее, поскольку фамилия бытует преимущественно в русских регионах, а не в зонах активного тюркского влияния.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кежутин — буквально «сын Кежута» или «человек из семьи Кежута». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на согласный. Сословно фамилия относится к крестьянской среде: носители Кежутиных встречаются в переписях Вологодской и Архангельской губерний XIX века, что подтверждает севернорусскую привязку. В современной России фамилия остаётся малочисленной, сосредоточена в основном на севере европейской части страны.

Таким образом, предок современных Кежутиных, скорее всего, был ремесленником, связанным с обработкой льна или шерсти, и получил прозвище по своему занятию. Фамилия сохранила память о диалектном слове, которое сегодня почти вышло из употребления.