Фамилия Кезонена — редкий случай для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, перед нами фамилия финского или карельского происхождения, адаптированная к русской письменности. В исконном виде она звучала бы как Кезонен (Kejonen) или Кейонен (Keijonen), а окончание -а в русском языке появилось по аналогии с фамилиями вроде Репина или Сорокина — так их часто склоняли в документах, особенно в женском роде. Основа фамилии восходит к финскому слову «kehä» — круг, кольцо, обод, или к диалектному «keijo» — колышек, шест. В обоих случаях прозвище могло относиться к человеку, который делал колёса, обручи, бочки или работал с круглыми деревянными деталями.

Финские фамилии с суффиксом -nen (которые в русской традиции часто получают окончание -а при склонении) — одни из самых массовых в Финляндии. Они означают принадлежность или происхождение: буквально «из рода Кезо» или «относящийся к Кезо». Но корень «kehä» встречается и в географических названиях: в Финляндии есть несколько хуторов и озёр с названием Кехя (Kehä). То есть фамилия могла возникнуть и как топонимическая — по месту жительства у круглого озера или излучины реки.

На территориях, которые входили в состав Российской империи — в Великом княжестве Финляндском, а также в Ингерманландии и Карелии — такие фамилии были обычны. В метрических книгах XIX века можно встретить варианты написания: Кезонен, Кейонен, Кехёнен. Носители фамилии чаще всего были крестьянами или ремесленниками, но встречались и среди лютеранских пасторов. В современной России фамилия редкая, её можно найти в основном в Карелии, Ленинградской области и среди потомков финских переселенцев.

Есть и менее вероятная версия: что фамилия могла быть искусственно образована в советское время при паспортизации из искажённого прозвища или имени. Но для этого нет убедительных лингвистических оснований. Финский суффикс -nen и прозрачная семантика корня указывают на естественное происхождение.