Фамилия Хабаджи — редкий случай для русской ономастики. С первого взгляда её можно принять за вариант фамилии Хобадзе или Хабадзе, но окончание «-джи» выдает другую языковую среду. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или кавказского происхождения, адаптированная в русском языке.

Основа «хаба» восходит к арабскому слову «хабб» — зерно, семя, крупинка. В тюркских языках (особенно в крымскотатарском, турецком, кумыкском) от этого корня образованы слова, связанные с хлебом, зерном или мелкой монетой. Суффикс «-джи» в тюркских языках — классический показатель профессии или рода занятий (сравните: чай — чайджи, кебаб — кебабджи). Таким образом, Хабаджи — это «зерновщик», «торговец зерном» или «хлебопёк». Фамилия указывала на предка, который занимался закупкой, помолом или продажей зерна.

Версия о грузинском корне (от «хаба» — новость, весть, или как вариант фамилии Хабадзе) менее вероятна из-за окончания. Грузинские фамилии на «-дзе» и «-швили» не дают формы «-джи» в русской записи. А вот тюркский «-джи» при заимствовании в русский язык часто писался именно так: Башмаджи, Пападжи, Кязимджи.

Встречается фамилия преимущественно у народов Северного Кавказа (кумыки, ногайцы, балкарцы) и у крымских татар. В дореволюционных записях её могли писать через «ы» — Хабаджы, что ещё ближе к тюркскому произношению. Модель образования проста и прозрачна: прозвище по ремеслу — фамилия. Никакой тайны или мистики, только ясное указание на то, чем кормилась семья.