Фамилия Хабайдулинов — одна из тех, что указывает на восточные корни, скорее всего тюркские или арабо-тюркские. В основе лежит личное имя Хабайдулла (или Хабайдула), которое образовано от арабского «Хабибулла» — «возлюбленный Аллахом». Со временем «Хабибулла» в устной речи могло стянуться до «Хабайдула»: так тюркские языки часто адаптируют арабские имена, упрощая произношение. Суффикс «-ин» (в варианте «-ов» ударение на последнем слоге — Хабайдулинов) указывает на принадлежность: «сын Хабайдулы». Фамилия типична для татар, башкир или других народов Поволжья и Урала, где такие модели на «-ов/-ин» закреплялись в XVIII–XIX веках при переписях и паспортизации.

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Хубайдулла (араб. «маленький слуга Аллаха»), которое в диалектах тоже могло превратиться в «Хабайдула». В любом случае, корень один — арабское «абдулла» (слуга Божий) с разными уточняющими приставками.

Географически фамилия редкая, сосредоточена в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. В дореволюционных записях она почти не встречается, что говорит о том, что её носители — не дворянский род, а крестьяне или мещане, получившие фамилию по отцу при поздней фиксации. Интересная деталь: написание через «а» в первом слоге (Хабайдулинов, а не Хубайдулинов) — характерный признак казанско-татарского говора, где арабо-персидские «у» часто переходят в «а». Это сразу отличает фамилию от однокоренных Хубайдуллин или Убайдуллаев, распространённых у других тюркских народов.