Фамилия Хабдю — редкая и необычная для русского уха. Её звучание и окончание сразу выдают нерусское происхождение, и это главная зацепка для этимолога.

В первую очередь обращает на себя внимание окончание -ю. В русской фамильной системе оно нетипично. Фамилии на -ю чаще всего встречаются у украинцев, белорусов или представителей народов Кавказа, но в данном случае корень указывает на другую языковую среду. Скорее всего, основа «Хабд-» восходит к тюркским или арабским корням. В арабском языке есть имя Хабдулла (вариант Абдулла — «раб Аллаха»), и в некоторых тюркских диалектах оно могло сократиться до формы «Хабду». Окончание -ю может быть результатом украинской или южнорусской адаптации, где фамилии нередко склонялись по образцу существительных среднего рода или просто фиксировали исходную форму имени.

Вторая версия — прозвищное происхождение. В тюркских языках «хаб» или «хап» означает «схватить», «взять», а «дю» — возможно, искажённое «ду» (друг, товарищ) или часть сложного слова. Но эта гипотеза менее убедительна, так как для прозвищ обычно выбирали более понятные и распространённые корни.

География фамилии практически не изучена. В современных базах Хабдю встречается единично, чаще всего в Краснодарском крае и на юге Украины. Это подтверждает версию о переселенческом характере: носители фамилии могли быть потомками татар, ногайцев или других тюркских народов, перешедших на русский язык, либо выходцами из Крыма.

Таким образом, фамилия Хабдю — это, вероятно, усечённая форма от арабского имени Хабдулла, адаптированная в украинской или южнорусской среде. Предки носителя, скорее всего, были людьми, принявшими православие из тюркской или мусульманской среды, и их прозвище закрепилось за родом в XVI–XVIII веках. Точных данных о сословной принадлежности нет, но по косвенным признакам можно предположить, что это были казаки или крестьяне южных окраин России.