Фамилия Хабибрахмонов — яркий пример того, как мусульманская традиция именования, пройдя через русскую канцелярию, превратилась в фамилию. В её основе лежит сложное арабское имя Хабибрахмон (в классической транскрипции чаще Хабиб ар-Рахман или Хабибуррахман). Это имя состоит из двух корней: «Хабиб» (حبيب) — «любимый, друг» и «Рахман» (الرحمن) — «Милостивый, Всемилостивый» (один из эпитетов Аллаха). Полное значение — «Любимый (или друг) Милостивого», то есть «любимец Бога». В исламской культуре это одно из распространённых теофорных имён, образованных по модели «Абд ар-Рахман» (раб Милостивого), но с другим смысловым оттенком — не «раб», а «друг».

Фамилия образована по классической русской модели: к основе имени (Хабибрахмон) добавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «Хабибрахмонов», то есть сын Хабибрахмона. Такой способ русификации фамилий характерен для регионов Средней Азии и Поволжья, где в XIX–XX веках при переписях и паспортизации арабские и тюркские имена получали русское окончание. В самой арабской или тюркской среде эта фамилия звучала бы иначе, например, как Хабибуллаев или просто Хабибов.

Географически фамилия Хабибрахмонов почти наверняка ведёт в Узбекистан или Таджикистан. Строение имени указывает на персидско-таджикское влияние: компонент «Рахмон» (а не «Рахман») характерен именно для таджикского произношения, где звук «а» в конце часто переходит в «о». В Узбекистане, особенно в Самарканде и Бухаре, где веками соседствовали тюркские и иранские языки, такое написание тоже встречается. Предки носителя фамилии, скорее всего, были оседлыми мусульманами, возможно, торговцами или ремесленниками, так как имя Хабибрахмон было популярно в среде, где ценилась религиозная образованность.

Отдельного внимания заслуживает редкий для русской ономастики суффикс «-он» внутри основы. В русских фамилиях такое окончание почти не встречается, что сразу выдает нерусское происхождение. Фамилия не имеет никакого отношения к славянским корням, и попытки найти в ней, например, «хобот» или «брахман» ошибочны. Это чисто арабо-персидское имя, адаптированное под русский патроним.

Носителей фамилии в России немного, она сосредоточена в основном в Татарстане, Башкортостане и крупных городах (Москва, Санкт-Петербург), куда переезжали мигранты из Средней Азии. Встречается и вариант написания с одной «б» — Хабирахмонов, но это скорее ошибка записи, так как первый корень «Хабиб» в арабском пишется с удвоенной «б».