Фамилия Хабитуев — один из тех случаев, когда на первый взгляд ясная основа на поверку оказывается неочевидной. Если отбросить суффикс -ев, который просто указывает на принадлежность («чей?» — Хабитуев сын), то корень фамилии — Хабит. Самое прямое объяснение лежит на поверхности: это русифицированная форма арабского имени Хабиб (Хабиб — «любимый», «друг»). В тюркской среде, особенно у башкир и татар, имя Хабит (вариант Хабиб) встречается регулярно. Прибавляем к нему тюркский притяжательный аффикс -уй (встречается в именах типа Ахматуй, Иштуй), получаем Хабитуй — «принадлежащий Хабибу» или «Хабибов». А уже от этого отчества в русской канцелярии XIX века образовали фамилию Хабитуев.

Есть, однако, и более редкая, но заслуживающая внимания версия. В некоторых говорах коми-пермяцкого языка слово «хабит» (или близкие к нему «кöбит», «габит») означало «горб», «сутулость», а в переносном смысле — «неповоротливый», «медлительный человек». В этом случае перед нами не имя, а прозвище по внешности или характеру. В пользу этой версии говорит то, что фамилия Хабитуев встречается не только в Поволжье и на Урале, но и в Пермском крае, где исторически сильна коми-пермяцкая речь. Однако массового распространения у коми эта фамилия не получила, поэтому версия с арабским именем для большинства носителей всё же первична.

Написание фамилии устойчиво: через букву «е» на конце (Хабитуев), а не через «ё». Вариант Хабитуёв был бы возможен, если бы ударение в основе падало на последний слог (Хабитуй — Хабитуёв), но в реальности фамилия чаще произносится с ударением на второй слог: ХабИтуев. Это косвенно подтверждает имя-основу Хабит, а не Хабитуй.

Фамилия редкая. Она не фиксируется в массовых списках дворянских родов, не встречается среди известных исторических деятелей. Её носители — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан из смешанных татаро-башкирских или, реже, коми-пермяцких селений. В советское время фамилия не менялась, не русифицировалась дополнительно, что говорит о её достаточной адаптированности к русской грамматике ещё в XIX веке. Сегодня Хабитуевых можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и, единично, в Пермском крае.