Фамилия Хаджимаратуллин — один из ярких примеров того, как сложное мусульманское имя, пройдя через русскую канцелярию XIX века, превратилось в фамилию, понятную по форме, но неочевидную по составу. Её основа — арабское имя Хаджимурат (Хаджи-Мурат), которое складывается из двух частей: «хаджи» (почётный титул мусульманина, совершившего паломничество в Мекку) и «Мурат» (араб. «желанный», «цель»). Вместе имя означает что-то вроде «паломник, достигший желаемого» или «Мурат, совершивший хадж».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Петя — Петин, Илья — Ильин). Но в случае с Хаджимаратуллиным мы видим суффикс -ин, присоединённый к полной форме имени Хаджимаратулла. Эта форма — результат тюркского или кавказского произношения, где конечный согласный «т» в имени Мурат озвончился или перешёл в «л» под влиянием местных диалектов, а затем к имени добавился русский притяжательный суффикс. То есть фамилия буквально означает «сын (или потомок) Хаджимаратуллы» — человека, чьё имя звучало как Хаджимаратулла (вариант Хаджимурата с характерным для тюркских языков окончанием -улла, «раб Аллаха»).

Географически фамилия почти наверняка указывает на регионы Северного Кавказа (Дагестан, Чечня, Ингушетия) или Поволжья (Татарстан, Башкортостан) — там, где исламские имена и титулы были распространены, а русская администрация фиксировала их в метриках и ревизских сказках с характерными суффиксами. В отличие от фамилий на -ов (например, Хаджимуратов), форма на -ин встречается реже, что может говорить о более поздней или локальной русификации: её давали, когда имя записывали не в именительном падеже («Хаджимурат»), а в форме родительного («Хаджимурата»), откуда и пошло «Хаджимуратин», а затем — через диалектное смягчение — «Хаджимаратуллин».

Спорный момент — происхождение конечного «-улла». Некоторые исследователи ономастики (в частности, ссылаясь на работы Г. Ф. Благовой) отмечают, что в тюркских языках компонент «улла» (от араб. «Аллах») часто сливался с именем, образуя сложные формы вроде «Маратулла». В фамилии Хаджимаратуллин этот элемент мог быть осмыслен как часть корня, а не как отдельный суффикс. Поэтому более правдоподобно считать, что фамилия образована не от чистого имени Хаджимурат, а от его варианта Хаджимаратулла, распространённого, например, у татар или кумыков.

Таким образом, предок носителя этой фамилии — скорее всего, человек, носивший имя Хаджимаратулла (почётный паломник, которого называли «желанным рабом Аллаха»), живший в мусульманском регионе Российской империи и получивший фамилию по отцу при переписи или призыве на военную службу. Сословно это могли быть крестьяне, горцы или торговцы — точных данных нет, но сам разбор показывает, что фамилия недвусмысленно связана с исламской традицией и кавказско-тюркским миром.