Фамилия Хакудинова — женская форма, а мужская, Хакудинов, образована по типичной русской модели с суффиксом -ов. Но основа здесь не славянская, а тюркская или кавказская, и это главное, что определяет её происхождение. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Хакудинов, то есть сын или потомок Хакудина. Само имя Хакудин — скорее всего, вариант арабского имени Хаким (мудрый, судья) с добавлением тюркского компонента -дин (вера, религия). Получается «мудрость веры» или «судья веры» — составное имя, характерное для мусульманских народов Северного Кавказа и Поволжья.

Географически фамилия Хакудинова чаще всего встречается у адыгских народов (кабардинцы, черкесы) и у кумыков. В среде кабардинцев и черкесов фамилии на -ов нередко появлялись при записях в русских документах XIX века, когда местные имена адаптировали под русскую патронимическую систему. Исходное имя могло звучать как Хьэкудин или Хэкудин — в адыгских языках звук «х» и гортанные придыхания передавались по-разному, и при русификации форма закрепилась с буквой «а» и окончанием -ов.

Если смотреть на словообразовательную модель, то суффикс -ин в этой фамилии был бы логичнее для русского уха (Хакудин + ин), но в реальности закрепился -ов. Это говорит о том, что фамилия оформлялась не в центральной России, а на окраинах империи, где чиновники использовали универсальный суффикс -ов для всех «инородческих» фамилий, не разбираясь в тонкостях. Поэтому Хакудинова — это не столько «дочь Хакудина», сколько «из рода Хакудиных», где родоначальник носил мусульманское имя с корнем «хаким» и окончанием «-дин».

Среди однокоренных фамилий можно назвать Хакимов, Хакунов, Хакушев — все они отходят от того же арабского корня, но с разными тюркскими или кавказскими наращениями. Хакудинова стоит особняком именно из-за составной части «-дин», которая редко встречается в русских фамилиях и сразу выдает регион происхождения — скорее всего, Кабардино-Балкария или Карачаево-Черкесия.