Фамилия Халбашкеева — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее разбора корня. Она явно восточного происхождения, и её ареал — Бурятия, Иркутская область, Забайкалье. Основа фамилии — мужское имя Халбашке, которое в свою очередь образовано от тюрко-монгольского слова «халба» (халбага, халбаха). В бурятском и монгольском языках «халба» — это «ложка», «черпак», а также «лопатка» (кость). Имя Халбашке могло быть прозвищем: так могли назвать человека за внешнее сходство — например, за широкие лопатки, или за привычку есть большой ложкой, или за ремесло (изготовление ложек).

Суффикс «-ев» (в женском варианте «-ева») указывает на притяжательность: Халбашкеев — «сын Халбашке» или «из рода Халбашке». Это типичная русская патронимическая модель, наложенная на бурятское имя. Фамилия могла возникнуть в XIX веке, когда буряты массово получали русские фамилии по отцу — так бурятское родовое имя или прозвище закреплялось в документах.

Менее вероятно, но не исключено, что основа связана с тюркским «халбаш» — «глупый», «бестолковый». Однако в бурятской ономастике имя Халбашке встречается именно как производное от «ложки» или «лопатки», а не как оскорбительное прозвище. Скорее всего, прозвище было нейтральным или даже ласкательным — от уменьшительной формы.

Фамилия Халбашкеева не имеет отношения к русским дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Это поздняя, «народная» фамилия, которая закрепилась за бурятскими крестьянами и казаками. В современных справочниках она встречается редко, в основном в Бурятии и среди потомков переселенцев в Сибири. Для носителя фамилии это нить к степным предкам, которые жили у Байкала и носили прозвище, связанное с бытом — ложкой или лопаткой.