Фамилия Халджанова — женская форма фамилии Халджанов. Её основа восходит к мужскому личному имени Халджан, которое распространено у народов, исповедующих ислам, прежде всего у тюрок Центральной Азии (узбеков, таджиков, уйгуров). Имя Халджан образовано сложением двух элементов: «хал» (от арабского «халь» — «родинка», «особая отметина», или из тюркского «хал» — «сила», «могущество») и «джан» (персидское «душа», «жизнь»). В буквальном смысле имя можно перевести как «душа-родинка» или «живительная сила», но в быту оно чаще всего служило ласкательным обращением, пожеланием ребёнку быть «душой семьи» или «живым, как родинка» (родинка считалась счастливым знаком).

Фамилия Халджанов (и, соответственно, Халджанова) — относительно молодая. В большинстве тюркских народов фамилии в современном понимании закрепились только в советский период, в 1920–1930-е годы. До этого люди пользовались отчествами, родовыми именами (например, Халджан-оглы — «сын Халджана») или названиями местности. Поэтому фамилия Халджанова — это, по сути, русифицированная форма отчества: к имени отца Халджан добавили русские суффиксы -ов/-ова, которые в советское время стали стандартным способом оформления фамилий для многих народов СССР. То есть предки носительницы фамилии, скорее всего, были узбеками, таджиками или представителями другой тюркоязычной группы, и в метриках или паспорте их записали по отцу: «Халджанов».

В русском языке фамилия склоняется как обычное прилагательное: Халджанова, Халджановой, Халджанову. Встречается она в основном в Средней Азии, а также в тех регионах России, куда мигрировало население из Узбекистана, Таджикистана и Киргизии (например, в Москве, Санкт-Петербурге, Новосибирской области). Из-за редкости имени Халджан фамилия не является массовой; её носители, вероятно, связаны родством или происходят из одного махалля (квартала) в каком-либо историческом городе вроде Самарканда или Хивы. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию нет — это типичная «советская» фамилия, образованная от личного имени.