Фамилия Халнепесов — редкая и с первого взгляда кажется искусственной или книжной, но у неё, скорее всего, прозрачная тюркская основа. В ней явно читаются два корня: «хал» и «непес». Первый, «хал», восходит к тюркскому слову со значением «положение», «состояние», «сила» или «мощь» (ср. казахское «хал» — сила, мощь). Второй корень — «непес» — это искажённая или диалектная форма арабского слова «нафс» (душа, дыхание, жизнь), которое через ислам проникло во многие тюркские языки (туркменское «непес» — дыхание, миг). Таким образом, имя или прозвище Халнепес могло означать «сила духа», «мощь души» или «жизненная сила». Это составное личное имя, типичное для дореволюционной Туркмении и Узбекистана, где имена часто складывали из двух значимых компонентов.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае просто указывает на принадлежность: «сын Халнепеса». Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что основа оканчивается на согласный (Халнепес). Это стандартная русификация тюркского имени при переходе в фамилию, которая закрепилась в документах в XIX–XX веках, когда у народов Средней Азии начали массово записывать фамилии по отчеству.

Географически фамилия Халнепесов почти наверняка привязана к Туркменистану или к туркменским общинам в Узбекистане (особенно в Хорезмской области и Каракалпакстане). Встречается она крайне редко, что типично для составных имён, не ставших массовыми. В русском языке фамилия сохраняет ударение, скорее всего, на последнем слоге основы: Халнепе́сов, хотя в тюркском оригинале ударение могло падать на первый слог.

Интересно, что в фамилии нет суффикса -и, который часто добавляют к тюркским основам (как в фамилии Халниязов). Наличие чистого корня «непес» (а не «непеси» или «нефес») указывает на конкретный диалект или на то, что имя записывали на слух, без арабской вокализации. Если бы имя писали через «ф» (Халнефесов), это указывало бы на более книжное, арабизированное произношение. Вариант через «п» — народный, разговорный, что делает фамилию ценной для лингвистов: она сохранила живую речь прошлого.