Фамилия Халохупенко — яркий представитель украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс, по сути, заменил русское «-ов/-ев» и указывал на сына, потомка, а в более широком смысле — на принадлежность к роду. Соответственно, Халохупенко — это «сын Халохупа» или «потомок Халохупа».

Прозвище Халохуп, ставшее основой, звучит необычно и сразу привлекает внимание. Его разбор даёт две основные версии, причём одна из них более убедительна. Первая, самая прямая, связана с диалектным украинским словом «хал» — так в некоторых регионах называли негодяя, пройдоху, а также неопрятного человека. Вторая часть, «хуп», скорее всего, является вариантом слова «губа» (рот) с характерным для украинского языка чередованием «г»/«х». В таком случае Халохуп — это «негодяй с большим ртом» или «крикун», «пустомеля». Эта версия выглядит правдоподобно, так как прозвища по внешним чертам или манере поведения были очень распространены.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, отсылает к слову «хохол» (хохлатый, украинец) в искажённой форме. Однако она слабее, так как не объясняет первую часть корня «хало-» и требует натяжек в фонетике. Также маловероятна связь с каким-либо ремеслом: в украинском языке нет устойчивого термина «халохуп» для обозначения профессии.

Таким образом, предок-носитель этой фамилии, скорее всего, получил прозвище за свой характер или внешность — был человеком бойким, говорливым, возможно, не слишком опрятным. Фамилия Халохупенко географически тяготеет к Центральной и Восточной Украине, где суффикс -енко наиболее распространён, и встречается значительно реже, чем, скажем, Шевченко или Коваленко, что делает её хорошей «маркерной» фамилией для генеалогического поиска.