Фамилия Хальперн — одна из тех, что почти безошибочно указывает на еврейское происхождение, причем на ашкеназскую ветвь. В отличие от многих русских фамилий, образованных по модели «имя + суффикс», Хальперн — это чистая основа, без типичных славянских окончаний -ов, -ин или -ский. Она происходит от названия немецкого города Хайльбронн (Heilbronn) в земле Баден-Вюртемберг. В ашкеназской традиции было распространено давать фамилии по месту, откуда человек или его семья переселились, и в произношении название города со временем трансформировалось: Heilbronn превратилось в Halpern, а затем в более русифицированный вариант Хальперн.

Есть и вторая, менее распространенная, но лингвистически интересная версия. Некоторые исследователи связывают фамилию с идишским словосочетанием «halber nomen» — «половина имени». Так могли прозвать человека, которого назвали в честь умершего родственника, но дали не полное имя покойного, а лишь его часть или созвучное. Эта гипотеза объясняет, почему фамилия встречается в разных вариациях (Гальперн, Гальперин, Хальперин), но основная масса носителей всё же выводит свою родословную из Хайльбронна.

Географически фамилия Хальперн распространена там, где оседали ашкеназские евреи после миграций из Германии на восток: в Польше, на западе Украины, в Беларуси и в Прибалтике. В Российской империи фамилия встречалась в черте оседлости, а после революции и в советское время носители рассеялись по всей стране. Сословно предки Хальпернов чаще всего были мещанами или купцами, реже — раввинами или учеными. Среди известных носителей можно вспомнить филолога и переводчика Льва Хальперна, но в целом фамилия не столь «раскручена» в массовой культуре, как, скажем, Рабинович, что делает её скорее маркером конкретной семейной истории, чем общим местом.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется, если женщине (Хальперн — Хальперна). Ударение обычно падает на первый слог: Ха́льперн, хотя в некоторых семьях можно услышать вариант с ударением на второй слог — это уже местная диалектная традиция.