Фамилия Халсаханов — редкая и с ярко выраженной региональной привязкой. Её основа, скорее всего, восходит к тюркским или монгольским языкам, а распространение связано с народами Северного Кавказа (чеченцы, ингуши) или с тюркскими группами Поволжья и Сибири. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на русскую патронимическую форму (чьих будешь? — Халсаханов), а корень «Халсах» — это личное имя или прозвище.

Самая правдоподобная версия — связь с арабским словом «хальс» (чистый, искренний) или с тюркским «халс» (народ, община). В таком случае имя Халсах могло означать «чистосердечный» или «принадлежащий народу». В чеченской и ингушской среде встречается имя Халсах (вариант Халсакх), которое иногда трактуют как «сокол» или «ястреб» — от тюркского «куш» (птица) с местными фонетическими изменениями. Если это так, то прозвище носило тотемный или воинский оттенок.

Суффикс -ан- в основе (Халсах-ан-ов) — характерная черта для фамилий, образованных от тюркских и кавказских имён. Он играет роль усилителя или притяжательного показателя: Халсахан — «относящийся к Халсаху» или «сын Халсаха». В русской канцелярской записи этот элемент закрепился, и фамилия получила стандартное окончание -ов.

Географически фамилия Халсаханов тяготеет к Чечне и Ингушетии, реже встречается у кумыков и ногайцев. В дореволюционных документах она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия в её нынешнем виде оформилась относительно поздно, в XIX — начале XX века, когда горцам и кочевникам начали массово присваивать русские патронимы по отцу.

Других убедительных версий происхождения нет. Связь с монгольским «халха» (щит) или санскритским «кшатрий» выглядит натянутой — для этого нет ни фонетических, ни исторических оснований. Таким образом, носитель фамилии Халсаханов почти наверняка происходит из вайнахской или тюркской среды, а его предок носил имя или прозвище Халсах, которое могло означать либо «чистый/искренний», либо «хищная птица».